Родился в Нагано в 1973 году. Окончив университет в Токио, начал работать в индустрии компьютерных игр.
Известность пришла к нему после пятиминутного черно-белого короткометражного фильма «Она и её кот» (Kanojo to kanojo no neko, 1999), основанного на закадровом комментарии главного героя (кота) в сопровождении визуального ряда с минимумом анимации. Следующая работа Синкая, «Голос далекой звезды» (Hoshi no Koe, 2002), была уже 25-минутной. Эта история, построенная на контрасте космической тематики и повседневных наблюдений за обычной жизнью и основанная на комбинации рисованной анимации и трехмерной компьютерной графики, рассказывала об отношениях юноши и девушки, разделенными непреодолимым расстоянием. Фильм принес автору настоящее признание; критики и пресса объявили его «новым Хаяо Миядзаки». Над следующими своими фильмами Макото Синкай, оставаясь сценаристом, режиссером и художником-постановщиком, работал уже в большой команде художников и аниматоров. Так были сняты фантастические «За облаками» (Kumo no mukô, yakusoku no basho, 2004), ностальгические «Пять сантиметров в секунду» (Byôsoku 5 senchimêtoru, 2007) и приключенческие «Ловцы забытых голосов» (Hoshi o ou kodomo, 2011).
Выпущенная в 2016 году картина «Твоё имя» (Kimi no Na wa) имела большой коммерческий успех не только в Японии, но и во всём мире. Кассовые сборы составили более $358 млн, что выше, чем у знаменитого лидера проката среди аниме-мультфильмов «Унесённые призраками» (2001).
Новая работа режиссёра
«Дитя погоды» (Tenki no ko, 2019) стала кандидатом от Японии на «Оскар» как «Лучший фильм на иностранном языке».